1-    کم تجربگی و نوپا بودن بخش های خصوصی

2-    عدم ثبات مدیریتی

3-    کافی نبودن منابع اطلاعاتی مرتبط با عملکرد معاونت پشتیبانی در خارج از حوزه

4-    شناخت کم سایر حوزه ها از روال کاری حوزه معاونت پشتیبانی

5-    صدور برخی از بخشنامه ها و مصوبات از طرف وزارت بهداشت که دارای بار مالی هستند

6-    عدم همامنگی سازمانهای بیمه گر با دانشگاه

7-    تغییرات زیاد بخشنامه ها و دستورالعمل های صادره از برون سازمان

8-    نارسایی بخشنامه ها و مصوبات

9-  وجود بازارکار جذاب تر و پر درآمد برای نیروهای متخصص دانشگاه