اهداف سازمانی
احياء و توسعه طب سنتي و مفردات پزشكي
پالايش و به روز آمد نمودن دانش طب سنتي
تشريك مساعي يا ادغام طب سنتي در نظام سلامت
تعالي فرهنگ سلامت در جامعه ايراني
ارتقا نقش مرکز در تدوین سیاستها و استراتژیهای ملی در زمینه طب سنتی و مفردات پزشکی
توسعه منابع انسانی
توسعه کمی وکیفی تحقیقات و فناوری
نهادینه کردن بکارگیری نتایج تحقیقات در ارایه خدمات بالینی
جلب حمایت همه موسسات و نهادهای حمایت کننده از تحقیقات
توسعه نظام مدیریت اطلاعات و فنا وری
توسعه ارتباطات بین المللی و کسب اعتبار از موسسات معتبر جهانی