اهداف سازمانی

v      احياء و توسعه طب سنتي و مفردات پزشكي

v      پالايش و به روز آمد نمودن دانش طب سنتي

v      تشريك مساعي يا ادغام طب سنتي در نظام سلامت

v      تعالي فرهنگ سلامت در جامعه ايراني

v      ارتقا نقش مرکز در تدوین سیاستها و استراتژیهای ملی در زمینه طب سنتی و مفردات پزشکی

v      توسعه منابع انسانی

v      توسعه کمی وکیفی تحقیقات و فناوری

v      نهادینه کردن بکارگیری نتایج تحقیقات در ارایه خدمات بالینی

v      جلب حمایت همه موسسات و نهادهای حمایت کننده از تحقیقات

v      توسعه نظام مدیریت اطلاعات و فنا وری

v      توسعه ارتباطات بین المللی و کسب اعتبار از موسسات معتبر جهانی