• بيشترين مكاتبات معاونت آموزشی دانشكده، با معاونت آموزشی دانشگاه و معاونت امور دانشجويي و فرهنگي دانشگاه می‌باشد.
• يكي از قسمت‌هاي مهم معاونت آموزشی دانشگاه، اداره كل آموزش و تحصيلات تكميلي است كه معاونت آموزشی دانشكده با اين قسمت نيز دارای ارتباط مكاتبات فراوانی می‌باشد و امور مربوط به فارغ‌التحصيلي دانشجويان و برنامه‌ريزي‌هاي متعدد آموزشی كه در طول سال صورت مي‌گيرد، با هماهنگي اين اداره است.
• معاونت آموزشی دانشكده در رابطه با استخدام، ارتقا و ترفيع سالانه‌ اعضاي هیات علمي با معاونت آموزشی دانشگاه هماهنگي‌هاي لازم را انجام مي‌دهد.
• مرکز (Education Development Center) دانشگاه كه وظیفه ارتقاي سطح كيفي آموزش در دانشگاه را عهده دار است، از ديگر بخش‌هايي است كه در دانشگاه با معاونت آموزشی دانشكده ارتباط نزديك دارد.
• معاونت آموزشی دانشكده در وزارت بهداشت، عمدتاً با دبيرخانه شوراي آموزش داروسازي و تخصصي هماهنگ است. کلیه مكاتبات با اين دبيرخانه، و سایر بخش‌های وزارتی اعم از ارتباط با مقام محترم وزارت، معاونت آموزشی يا معاونت دانشجويي وزارتخانه، از طريق دانشگاه انجام مي‌شود و دانشكده در اين موارد مستقيماً عمل نمي‌كند.
• در موارد خاص، معاونت آموزشی با مراكزي مانند معاونت آموزشی دانشكده‌های داروسازي کشور و يا معاونت غذا و داروي دانشگاه‌ها (جهت صدور گواهي‌ها و معرفي‌نامه‌ها براي دانشجويان) و كتابخانه‌های مراکز آموزش عالی مستقر در تهران، نظیر پژوهشگاه پليمر، كتابخانه دانشكده داروسازي دانشگاه تهران یا دانشگاه شهید بهشتی نيز ارتباط دارد.