شوراي عالي مهمترين ركن و بالاترين مرجع تصميم‌گيري انستيتو مي‌باشد كه رئيس انستيتو بعنوان دبير اين شوراء فعاليت مي‌نمايند.

اعضاء شوراي عالي عبارتند از:

1- وزير بهداشت، درمان و آموزش پزشكي كه رئيس شورا است.

2- رئيس دانشگاه كه نايب رئيس شورا است.

3- معاون پژوهشي وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشكي كشور

4- معاون بهداشتي وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشكي كشور

5- يكي از معاونين وزارت صنايع به انتخاب وزير

6- يكي از معاونين وزارت جهاد كشاورزي به انتخاب وزير

7- معاونت پژوهشي وزارت فرهنگ و آموزش عالي

8- يكي از معاونين سازمان معاونت برنامه ریزی و نظارت راهبردی رئیس جمهور به انتخاب رئيس سازمان مذكور

9- دو نفر از اشخاص صاحبنظر و بصير در رشته‌هاي تغذيه و علوم صنايع غذايي كه با پيشنهاد رئيس دانشگاه و تصويب وزير بهداشت، درمان و آموزش پزشكيبه مدت 2 سال به عضويت شورا منصوب و انتخاب مجدد آنان   بلامانع       است.

10- رئيس انستيتو كه سمت دبير شوراي عالي را دارد.

وظايف:

الف) تعيين خط مشي تحقيقاتي انستيتو با در نظر گرفتن سياست كلي دولت در امر غذا و تغذيه

ب) پيشنهاد سازمان و تشكيلات انستيتو براي  تصويب به سازمانمدیریت و برنامه ریزی کشور

ج) تهيه و تنظيم بودجه انستيتو

د) بررسي و تنظيم حسابهاي سالانه و ترازنامه و تصويب آن

ه) تهيه و تصويب دستورالعملهاي استخدامي، اداري و مالي و معاملاتي مورد نياز در چارچوب ضوابط و مقررات مربوطه

و) تهيه و تصويب ساير دستورالعمل هاي مورد نياز در چارچوب مواد اين قانون