كليه امور پژوهشي اين مؤسسه تحت نظارت معاونت پژوهشي انجام مي‌گيرد. معاون پژوهشي انستيتو توسط رئيس انستيتو انتخاب مي‌شود، معاون پژوهشي كنوني انستيتو جناب آقاي دكتر مرتضي عبداللهي مي‌باشند. زير مجموعه‌هاي اين معاونت عبارتند از:

ارتقاء سطح پژوهش‌هاي مرتبط با سلامت تغذيه‌اي جامعه و امنيت غذايي

1- كمك و نظارت در تدوين سياستهاي پژوهشي انستيتو با در نظر گرفتن نيازها و اولويتهاي پژوهشي كشور در زمينه غذا و تغذيه و با توجه به امكانات مالي، اداري و نيروي انساني پژوهشي انستيتو

2- بالا بردن توانايي پژوهشي انستيتو از راه افزايش توان پژوهشي پژوهشگران

3- توسعه امكانات و تجهيزات آزمايشگاهي و فراهم آوردن امكان فعاليتهاي صحرايي

4- مشاركت در تهيه اهداف، استراتژيها و برنامه‌هاي كشوري در زمينه غذا و تغذيه به ويژه پژوهش هاي مربوطه، در رابطه با برنامه‌ريزي‌هاي بخشي وزارتخانه‌هاي مربوط

5- گسترش ارتباطات با سازمانها و مؤسسات پژوهشي و اجرايي داخلي به منظور شناسايي انستيتو، اجراي طرحهاي مشترك و ايجاد هماهنگيهاي لازم

6- گسترش ارتباطات با سازمانها و مؤسسات پژوهشي و اجرايي خارجي و بين‌المللي به منظور شناسايي انستيتو، استفاده از نتايج تحقيقات و انتشارات آنها و اجراي طرحهاي مشترك

7- كمك در فراهم آوردن زمينه براي استفاده از نتايج پژوهشهاي انجام شده در داخل و خارج از كشور

8- بالا بردن توان خدمت دهي كتابخانه انستيتو به پژوهشگران

9- شناساندن انستيتو و فعاليتهاي آن به جامعه با همكاري دفتر رياست و روابط عمومي

10- شناسايي و تشويق پژوهشگران توانا و فراهم آوردن زمينه لازم جهت استفاده از خدمات تخصصي آنها

11- تهيه گزارش و آمار مرتبط با فعاليت هاي پژوهشي براي ارائه به شوراي عالي غذا و تغذيه و سازمان هاي مرتبط

12- تهيه سند ملي فرابخشي توسعه امنيت غذا و تغذيه