مدیریتها و واحدهای تابعه معاونت درمان به شرح زیر می باشد: 

• مديريت حوادث و فوريت هاي پزشكي
• مديريت اداری و مالي 
• مديريت تجهيزات پزشكي
• اداره صدور پروانه‌ها
• اداره ارزشیابی 
• اداره نظارت و بازرسی
• اداره امور آزمایشگاه­ها
• اداره پرستاری و مامایی 
• واحد هماهنگي و آموزش 
• واحد آمار و مدارک پزشکی
• واحد مددكاری
• واحد توزیع نیروهای تخصصی
• واحد سوء مصرف مواد
• واحد نظارت فني
•  واحد پرتوها
• واحد بیماری های خاص