این اداره در زمینه نظارت و بازرسی بر مراكز درمانی و پاراكلینیكی اعم از بیمارستان­های دولتی و غیر دولتی، درمانگاه­ها، مطب­ها مٶسسات پزشكی و رادیولوژی و نیز رسیدگی به شكایات واصله از این مراكز انجام وظیفه می­نماید.

 اهداف و وظایف این اداره عبارتند از:

· انجام بازدیدهای دوره­ای جهت نظارت بر توسعه بخش­های بیمارستان­ها و اصلاح نواقص و بهبود نظام مدیریت بیمارستان­ها؛

· بررسی عملكرد بیمارستان­ها و پزشكان شاغل در آنها، واحدهای پاراكلینیكی و تشخیصی تحت پوشش؛

· رسیدگی به شكایات از مراكز درمانی دولتی و غیر دولتی و بررسی گزارشات مردمی و اصلاح فرآیند رسیدگی به شكایات جهت رضایت بیشتر مراجعه كنندگان؛

· انجام عملیات تحویل گواهی فوت، صدور گواهی جهت تایید فعالیت و اشتغال افراد در مراكز درمانی، تأیید اعلام نیاز مراكز، اعلام تعرفه‌های خدمات بهداشتی و درمانی به مراكز ومراجعین؛

· اعلام نواقص مراكز درمانی بصورت كتبی و در صورت تكرار اخذ تعهد محضری و در نهایت اقدام به تعطیلی و پلمپ این مراكز و ارائه پرونده متخلفین به تعزیرات و كمیسیون ماده 11 و سازمان نظام پزشكی؛

· ارتقای سطح علمی و عملی كاركنان ستادی از طریق برگزاری كارگاه­های آموزشی و توجیهی