کتابخانه مرکز تحقیقات طب سنتی دارای دو بخش کتب فارسی و لاتبن می باشد.

کتب فارسی شامل 1250 عنوان و 2000 نسخه کتاب می باشدکه به تفکیک شامل موارد زیر است:

• 300 عنوان عمومی
• 200 عنوان علوم پایه (شامل کتب تخصصی مرتبط در زمینه های علوم گیاهی، شیمی، فیزیولوژی و ...)
• 700 عنوان کتابهای تخصصی در زمینه های طب سنتی و داروسازی
• 50 عنوان منابع مرجع عمومی و تخصصی

کتب لاتین نیز در حدود 450 عنوان و 1500 نسخه میباشد که به تفکیک شامل موارد زیر است:

• 100 عنوان علوم پایه (شامل کتابهای تخصصی مرتبط در زمینه های علوم گیاهی، شیمی و ...)
• 300 عنوان کتابهای تخصصی در زمینه های طب سنتی و داروسازی
• 50 عنوان منابع مرجع عمومی و تخصصی

 علاوه بر این کتب،کتابخانه مرکز دارای 114 عنوان نشریه فارسی و لاتین می باشد.

این مرکزدر زمینه انتشار کتاب نیز فعالیتهایی داشته و از بدو تاسیس تا کنون چندین جلد کتاب را به چاپ رسانده است. همچنین تعدادی از کتابهای مرجع گیاهان دارویی و روشهای کنترل کیفیت گیاهان دارویی را با کسب مجوز از WHO ترجمه کرده است.