تجهیزات این مرکز شامل:

الف: دستگاههای آزمایشگاهی

1.  کروماتوگرافی مایع با کارآیی بالا                                               
2.  کروماتوگرافی لایه نازک با کارآیی بالا 
3.  TLC Scanner
4. کروماتوگرافی گازی
5.  UV اسپکتروفتومتر
6.  CO2 انکوباتور                                     
7.  Elisa reader
8. میکروسکوپ اینورت                                
9.  تانک ازت
10.  هود لامینار                                         
11.  بن ماری
12.  ترازوی دیجیتال                                     
13.  Plate-Shaker
14. آون خلا
15. اتوکلاو
16. دستگاه تقطیر در خلا

ب: بانک عصاره های گیاهی

دیگر امکانات مرکز تحقیقات طب سنتی و مفردات پزشکی علاوه بر تجهیزات فوق بانک عصاره های گیاهی است که هم اکنون در این مرکز مراحل نهایی تکمیل بانک در حال انجام است.
در این بانک عصاره، از تمامی گیاهان جمع آوری شده درهرباریوم مرکز، که از گیاهان بومی مناطق مختلف ایران هستند، عصاره ها ی  گیاهی با یک روش واحد در چند مرحله و با استفاده از حلال های گوناگون تهیه می شود و بصورت فراکسیونهای مختلف نگهداری می گردد.
در تهیه این عصاره ها دقت بسیار بکار رفته است تا عصاره های یکسان و با قابلیت تکرار عصاره گیری تهیه گردد و تمامی عصاره ها کد گذاری شده و قابلیت ردیابی توسط این کد ها وجود دارند. این عصاره ها جهت تحقیقات در زمینه های مختلف در اختیار کارشناسان قرار دارد.