دانشکده همچون سایر سازمانهای دولتی و اداری دارای ساختار تشکیلاتی میباشد که در رأس آن رییس دانشکده قرار دارد. 3 معاونت آموزشی، پشتیبانی و پژوهشی رییس دانشکده را در مدیریت دانشکده یاری میدهند.

      معاونت آموزشی: همانطور که از نامش برمی آید، تمام وظایف آموزشی اعم از برنامه ریزی آموزشی، امور دانشجویی، ثبت نام، انتخاب واحد، حضور و غیاب، برگزاری آزمونها، رسیدگی به امور مرتبط با آموزش اساتید و گروههای اموزشی ... را به عهده دارد. تدریس دروس توسط 6 گروه آموزشی (دپارتمان علمی) انجام میگیرد.

      معاونت پشتیبانی: وظیفه سازماندهی بودجه و منابع مالی دانشکده را برعهده دارد و بیشترین تعامل را با کارکنان غیر هیات علمی دانشکده، اعم از خدماتی، آموزشی و پژوهشی دارد. لازم به ذکر است که در حال حاضر مسئولیت مرکز فن آوری اطلاعات و ارتباطات نیز بر عهده معاون پشتیبانی می باشد.

      معاونت پژوهشی: وظیفه سیاستگذاری فعالیتهای پژوهشی و تحقیقاتی را به عهده دارد. تصویب پایان نامه ها و پروژه های پژوهشی، خرید کتاب و نظارت بر بخشهای مختلف پژوهشی اعم از کتابخانه و بخش مجلات زیر نظر این معاونت میباشد. 

      دانشکده دارای 6 بخش آموزشی یا دپارتمان علمی است که هرکدام متناسب به رشته تخصصی خود به آموزش دانشجویان دوره عمومی و تخصصی، راهبری پروژه های عملی– پژوهشی دانشکده و سرپرستی آزمایشگاههای مربوطه میپردازند.

      این 6 گروه شامل داروسازی بالینی، سم شناسی-داروشناسی، شیمی دارویی، فارماسیوتیکس (داروسازی)، فارماکو اکونومی (اقتصاد و مدیریت دارو)  و فارماکوگنوزی و بیوتکنولوژی داروئي میباشند.
      دانشکده دارای 13 استاد،13 دانشیار، 8 استادیار و 3 مربی میباشد.