مرکز تحقیقات بیماری‌های گوارش و کبد دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی که یکی از قطب‌های علمی تحقیقاتی علوم پزشکی کشور نیز می‌باشد سه عنوان کلی را به عنوان کلی را به عنوان محورهای فعالیت خود معرفی کرده است و اهداف کوتاه مدت، میان مدت و دراز مدت خود را در سه بخش زیر برنامه‌ریزی کرده و بطور دایم برنامه‌های خود را به منظور نیل به مقاصد مطرح شده به روز می‌کند.

محور اول:

الف) دیس‌پپسی و بیماری‌های مرتبط با آن :
دستیابی به نقش هلیکوباکترپیلوری در بیماری‌های مهم دستگاه گوارش فوقانی
بررسی مولکولی و ژنتیکی سوش‌‌‌های هلیکوباکتر در ایران

ب) بیماری‌های ناشی از غذا
برقراری و تکمیل نظام پایش کشف اتیولوژی بیماری‌های اسهالی و ایجاد کانون شناخت علت بیماری‌های ناشی از غذا
دستیابی به الگوی انتقال بیماری‌های ناشی از غذا

ج) بررسی اتیولوژیک مقاومت‌های میکروبی
برقراری پایش کشف میزان مقاومت میکروبی
شناخت نحوه مصرف آنتی‌بیوتیک‌ها در کشور

محور دوم :

الف) هپاتیت‌های ویروسی و غیرویروسی (شامل هپاتیت اتوایمیون) : شناخت وضعیت ژنتیکی، اپیدمیولوژی، سرولوژیکی، هپاتیت‌های ویروسی و غیرویروسی در ایران
ب) شناخت الگوی ژنتیکی سرطان‌های گوارشی به ویژه سرطان‌های فامیلی، دستیابی به سیستم شناخت زودرس سرطان‌های گوارشی به ویژه سرطان معده و کولورکتال
ج) داشتن جمعیت‌های ثبت شده به شکل هم گروه‌های تحقیقاتی (کوهورت) برای بررسی فاکتورهای مطرح در Cancer Case Epidemiology
د) رسیدن به نظام منظم مشاوره ژنتیکی در سرطان‌های گوارشی

محور سوم :

رسیدن به الگوی تشخیص علت اسهال‌های مزمن، ثبت بیماران مبتلا به بیماری‌های التهابی روده در ایران و به دست آوردن الگوی شناخت بیماری‌های التهابی روده، درمان و پیگیری بیماران

1- در هر کدام از موارد درج شده در هر محورهای بالا تحقیقات جمعیت مدار است به ویژه تحقیقات نوع بیمار مدار (Patient-Oriented Research ) تحقیقات بیماری مدار (Disease-Oriented Research ) و تحقیقات علوم پایه (Basic Research ) در اولویت قرار دارند.

2- در هر محور اولویت‌های عرضی بر یکدیگر اولویتی ندارند.

3- مرکز تا حد ممکن از انجام تحقیقات موازی و یکسان با سایر مراکز علمی خودداری می‌کند.

4- مرکز به تحقیقاتی اولویت می‌دهد که در راستای سیاست‌گذاری و توسعه سلامت کشور باشد.

5- Physician-Scientist تحقیقات مرکز با اساس اصل طراحی می‌شود و پزشکان کشور محقق کشور در کنار دانشمندان علوم پایه به فراگیری تکنیک‌های مهم و اختصاصی آزمایشگاه می‌پردازند تا به این ترتیب فرآیند تحقیقات براساس محوریت‌ بیمار به دست این پزشکان کامل گردد