این مرکز از مجموعه بخشهای ذیل تشکیل شده است:
1- گوارش و کبد، شامل 60 تخت بستری.
2- بخش آندوسکوپی و موتیلیتی
3- درمانگاه های تخصصی.
4- آزمایشگاه ها.
آزمايشگاه ها :
با توجه به اهميت اهداف مركز تحقيقات بيماري هاي گوارش و كبد دانشگاه علوم پزشکی شهيد بهشتی در انتقال دانش وتكنولوژی وايجاد الگوی جديد پژوهش پزشکی در سطح كشور به شكل آموزش پزشكان در كنار دانشمندان علوم پايه (Physician Scientist) و ايجاد اتحاد علوم پايه و بالينی در جهت حل مسايل و مشكلات بيماران ، اين مرکز اهميت ويژه ای برای سياست از بالين تا آزمايشگاه قائل است.
5- آزمايشگاه بزرگ مركز تحقيقات بيماري هاي گوارش و كبد که در واقع مجموعه ای از آزمايشگاه های زير است در مجاورت بخش گوارش بيمارستان آيت الله طالقانی واقع شده تا زمينه همکاری هر چه بيشتر دانشمندان علوم پايه وپزشكان پژوهشگر فراهم آيد.
اين آزمايشگاه از جمله مجهزترين آزمايشگاه های فعال درپزشکی ملکولی و ژنتيک در کشور می باشد و شامل آزمايشگاه های زير است:
- آزمايشگاه تعيين توالی ژنی (Sequencing)
- آزمايشگاه ميکروب شناسی
- آزمايشگاه آسيب شناسی- اطاق مشاهده لام
- آزمايشگاه آسيب شناسی - پاس
- آزمايشگاه بيوشيمی و ايمونولوژی
- آزمايشگاه ژنتيک ملکولی (PCR,Hybridization)
- آزمايشگاه کشت سلول
- آزمايشگاه استخراج DNA ويروسی
- آزمايشگاه استخراج DNA غيرويروسی
- اطاق تاريک
- آزمايشگاه ايمونوهيستوشيمی
- آزمايشگاه سيتوژنتيک (Karyotyping,FISH)